Die neue Marina Pythagoreion befindet sich an der Ostseite des Kaps Ak Phonia, östlich von Hafen von Pythagoreion. 250 Liegeplätze, Wasser– u. Stromanschlüsse, sanitäre Einrichtungen, Bars und Restaurants, ein Parkplatz, ein Pool, stehen den Seglern zur Verfügung.
Die Samos Marina Pythagorion bietet Rundumschutz gegen alle Windrichtungen.